De acuerdo a sus estatutos y con el fin de canalizar adecuadamente la participación de sus asociados, CONFIEP se organiza de la siguiente manera:

Asamblea General de Asociados

Órgano de la CONFIEP que reúne a todos los asociados de la institución.

Consejo Directivo

Encargado de la dirección y ejecución de los asuntos institucionales.
2013-2015

Consejo Consultivo

Aporta su opinión y experiencia a la toma de decisiones de la institución. Está integrado por los ex-Presidentes de CONFIEP.
Lista de ex-presidentes

Comité Ejecutivo

Dirige la gestión ordinaria y supervisa la marcha de la institución.
2013-2015

Presidencia

Representante legal de la institución en los actos públicos y privados.
Preside el Consejo Directivo y el Comité Ejecutivo.

Comités de Trabajo

Órganos asesores y de consulta de la Presidencia.

Gerencia General 

Órgano ejecutivo y administrativo de la CONFIEP. Cuenta con dos órganos de línea, la Dirección de Relaciones Institucionales y la Dirección de Desarrollo y Proyectos.
Órganos de Línea